Hoofdstuk 3 van het Bkl bevat instructieregels voor de uitvoering van een aantal specifieke taken. De betreffende instructieregels hebben betrekking op zwemlocaties, watersystemen, openbare vuilwaterriolen, geluid door wegen, spoorwegen en industrieterreinen, toevalsvondsten van bodemverontreiniging, natuurgebieden en gasverbrandingsinstallaties. Ook worden regels gesteld over de Noordzee om overeenkomstig de Europese Kaderrichtlijn Mariene Strategie een goede milieutoestand te bereiken.